Наличие общего конфига на мой взгляд абсолютно логично. У любого игрока я думаю в сетах присутствует некая общая часть, которая копируется между всеми сетами.
Другой вопрос, нужны ли вообще специализированные сеты? По большому счету, их ведь можно реализовать через тот же самый enable/disable различных групп и установкой переменных. В общем-то в моем mmc-сете я так и делаю.
Update: вру, для многооконности специализированные сеты и независимая установка переменных безусловно нужны, да. Так что без специализированных сетов никуда.
Мне кажется на текущий момент лучше оставить всё как есть. Есть ведь еще проблема обновления клиента и т.п. И кажется багов итак хватает, без новых наворотов.
P.S. Но переменные-то надо бы пофиксить...